Repository Managerでは、4つの主なウィンドウ、ナビゲータウィンドウ、メインウィンドウ、依存性ウィンドウ、およびアウトプットウィンドウが表示できます。ナビゲータウィンドウ、依存性ウィンドウ、およびアウトプットウィンドウは、接合したり切り離したりできます。また、ナビゲータウィンドウ、依存性ウィンドウおよびアウトプットウィンドウは、表示/非表示を切り替えることができます。

ナビゲータウィンドウでは、リポジトリへの接続、フォルダ間の移動、リポジトリオブジェクトの参照が実行できます。ナビゲータウィンドウでは、各フォルダにあるリポジトリオブジェクトを種類ごとにノードと呼ばれるグループで管理します。ノードにあるオブジェクトを選択すると、選択したオブジェクトの詳細がメインウィンドウに表示されます。

Repository Managerにオブジェクトの依存性を表示する設定を行いたい場合は、ナビゲータウィンドウに表示されたオブジェクトを選択すると、依存性ウィンドウに依存性の詳細が表示されます。依存性情報を表示できるのは、ソース、ターゲット、マッピングおよびショートカットです。

アウトプットウィンドウには、フォルダのコピーなどの複雑なリポジトリ操作を行ったときの詳細情報が表示されます。リポジトリサービスの通知メッセージもアウトプットウィンドウに表示されます。